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(1)腎藏精，主生殖和發育之精，是構成人體的基本物質，也是人體各種功能運動的物質基礎，包括先天之精和後天之精。先天之精由父母遺傳，後天之精來自飲食，兩者都由脾胃藏於腎，稱為“腎精”。“腎精”是人體生長發育生殖功能的物質基礎，影響著人體的所有器官。腎精的盛衰關系到生殖和生長發育的能力。從小到大，腎的精氣逐漸充盈，牙齒越來越長。腎臟發育到青年時期，精氣充盈，產生壹種“天癸”物質，於是男性產生精子，女性開始如期來月經，性功能逐漸成熟，具備生殖能力；當妳老了，腎的精氣會逐漸衰退，性功能和生殖能力會衰退消失，身體會逐漸衰老。故蘇文錢轂天真論曰:“夫八歲，腎氣足，發長齒多；二十八、腎氣充盈，精氣溢泄。七八、日疲精少，腎衰，身體極好。八八，牙齒掉了。女，七歲，腎氣足，牙長，二七，但天要來，脈太盛，月現，...七月七日，脈象太弱，脈象太弱，天竭，地道不通，故壞而無子。”這充分體現了腎精在主持人體生長發育和生殖功能中的作用。腎精不足，孩子就會發育不良，萎靡不振，智力低下。成年人早衰，頭暈耳鳴，精力下降；女性有生殖器官發育不全、月經初潮晚、閉經、不孕等。男人不孕不育。
(2)主骨生髓，與腦腎相連，能生髓。骨髓生於骨中，骨依靠骨髓獲得營養。所以蘇文玄明五氣篇說:“腎主骨”，“陰陽應似大論”說:“腎生骨髓”。腎精充足，骨髓就會生化活躍，骨骼就會得到充分的滋養和強壯。腎精虧虛，骨髓來源不足，骨骼得不到滋養，骨骼就會衰弱，甚至發育不良。所以兒童囟門閉合晚，骨骼軟弱，往往是腎精不足，骨髓空虛所致。補腎中藥的臨床應用，可以加速骨骼的生長和愈合，治療各種骨髓疾病和再生障礙性貧血，其理論基礎是中醫腎藏精、精血交替、腎主骨、精生髓的理論。
骨髓分為骨髓和脊髓，脊髓通向大腦。因此，靈豎亥論說:“腦是髓之海”。大腦的功能是主持精神思維活動，所以又叫“元神之府”。因為腦髓有賴於腎精的不斷化生，如腎精不足，除了腰酸腿軟等癥狀外，還會出現頭暈、失眠、智力低下等。
“牙在骨外”，牙齒也要靠腎精的滋養，所以有些牙病也和腎有關。腎精充足，牙齒就會堅固。比如兒童牙齒出生太晚，成人牙齒松動容易脫落，都是腎精不足的反映。正是因為這個原因，腎虛引起的牙痛、牙抖，往往用補腎的方法來治療。
(3)腎主水，主要是指它在調節體內的水液平衡方面起著極其重要的作用。水和液體在體內的滯留、分布和排泄主要是由腎的氣化功能來完成的，氣化的動力是腎陽，也依賴於腎陽和腎陰的調節，通常比喻為“開”和“關”。壹般認為腎陽主開，腎陰主閉。腎陰不足則多開少閉，小便多，常見於尿崩癥、糖尿病。治療期間要養腎陰。腎陽不足，則開合少，小便少，水腫多。治療應以溫補腎陽為主。
(4)腎主命門火“命門”，即生命之門，蘊含著生命的根本意義。“火”指的是功能性權力。腎主命門之火，即腎具有掌管人體生命活動的根本動力的功能。腎有腎陰腎陽，命門之火為腎陽，又稱元陽、振陽，是維持生命活動的動力之源。臨床上，命門火衰患者的癥狀多與腎陽虛癥狀相壹致，補命門火的藥物具有補腎陽的作用。之所以稱他們為“命門”，無非是強調陽在腎中的重要性。命門之火能滋養和促進臟腑功能，溫補脾臟，幫助肺吸氣，促進生殖功能的成熟，促進生長發育，促進水液的運行和氣化。如果正氣衰竭，脾胃不溫，可引起五變泄瀉或慢性腹瀉，或陽痿、早泄、遺精、月經不調等證候。如果命門火旺，就會出現遺精、性欲亢進、失眠等。
(5)腎主攝氣是指腎幫助肺吸氣降氣的功能。正常呼吸既要靠肺的降，也要靠腎的吸收。腎在下焦中起著吸氣的作用。只有腎氣充盈，肺為輔，氣道才能通暢，呼吸才能均勻。氣虛不能吸氣，就會呼吸多，吸吮少。哮喘吸氣困難，臨床上稱為“腎不納氣”。這種哮喘要用補腎納氣的方法來治療。
(6)耳朵的聽覺功能取決於腎的精氣。腎主藏精，腎精充足，聽覺才能靈敏。所以《靈樞脈度》壹章說:“腎氣通耳，腎耳可聞五音。”腎精不足，就會耳鳴，聽力下降。老年人經常看到耳聾等疾病。往往是因為腎精衰竭。
精血互為化生，精血充盈，毛發的營養來源於血液，但其生命力來源於腎氣，所以毛發生長脫落的過程反映了腎氣的盛衰。所以蘇文·錢轂《天真論》說:“女人七歲，牙更長”，“丈夫八歲，腎固，牙更長”。所以，中青年人腎氣足，頭發多。