朱恒鵬的學術專著
專著：
《前沿思索：中國經濟非均衡分析》（專著，獲胡繩全國青年學者獎），社會科學文獻出版社，2000年10月。
《國際經濟學》（主編），中國城市出版社，2001年9月
譯著：
《管理經濟學導論》（譯著），首都經濟貿易大學出版社， 2002年1月。
學術論文
>.欲醫療保險管辦分開，須醫療服務管辦分開
《醫療體制弊端與藥品定價扭曲》，《中國社會科學》2007年第4期。
《政府主導、價格管制與醫療體制弊端》，獨著，發表在魏眾主編的《減輕經濟全球化中的健康脆弱性》壹書中，2008年1月出版。
《為何國內藥品批發行業沒有實現適度集中》，2009，《經濟社會體制比較》第6期。
《降低藥費支出如何可能》，《學海》2009年第3期。
《基本藥物供應體系應該完全市場化》，2009：《比較》第44期
《新醫改研究文獻綜述：2008-2009》，2009，《經濟學動態》第10期
《還醫生以體面：醫療服務定價研究》，2010，《財貿經濟》第3期。
《國際經濟學》（主編），中國城市出版社，2001年9月
《公有制下的投資競爭和信貸配給》，《首都經濟貿易大學學報》，2000年第2期。
《改革開放以來中國貨幣供求的實證分析》，《冶金經濟與管理》，2000年第1期
《住房商品化、不確定性和總需求》，《數量經濟技術經濟研究》，1999年第1期。
《改革開放以來國有企業的工資確定》，《首都經濟貿易大學學報》，1999年第3期。.
《中國的高新技術企業》，《中國企業發展報告(1990-2000)》，劉小玄主編，社會科學文獻出版社，2001年3月。
《變資源優勢為技術優勢-----大榮案例》 ，《戰略與制度：中國企業集團的成長分析》，韓朝華主筆，經濟科學出版社，2000年12月。
《中國市場化指數——各地區市場化相對進程報告（2001年）》，樊綱、王小魯、朱恒鵬，經濟科學出版社，2003年2月。
《中國市場化指數——各地區市場化相對進程報告（2003年）》，樊綱、王小魯、朱恒鵬，經濟科學出版社，2004年2月。
《中國各地區市場化相對進程報告》，《經濟研究》，2003年第3期（該論文獲第十壹屆孫冶方經濟科學獎）。
《分權化改革、財政激勵和公有制企業改制》，《世界經濟》，2004年第11期。
《地區間競爭、財政自給率和公有制企業民營化》，《經濟研究》，2004年第10期。
《企業規模、市場力量與民營企業創新行為》，《世界經濟》2006年第12期。