引物設計的、軟件有哪些？有什麽優點和缺點？
NoePrimer 2.03 獨特的引物設計軟件
Primer Premier 6.0 DEMO 序列分析與引物設計，非常棒的壹個軟件。
Oligo 7.36 Demo 引物設計分析著名軟件，主要應用於核酸序列引物分析設計軟件。
Primer D'Signer 1.1 免費的引物設計輔助軟件，專門用於pASK-IBA和pPR-IBA表達載體，簡化引物設計工作。
Array Designer 4.25 Demo DNA微陣列（microarray）軟件，批量設計DNA和寡核苷酸引物工具。
Beacon Designer 7.80 Demo 實時熒光定量PCR分子信標(Molecular beacon )及TaqMan探針設計軟件。
NetPrimer JAVA語言寫成的免費引物設計軟件，用IE打開運行。
TGGE-STAR DOS軟件，PCR結合梯度凝膠電泳實驗引物設計軟件。
e-PCR 2.3.9 電子克隆是壹種電腦軟件，用來識別DNA序列標簽位點（STSs)。
FastPCR 6.0.165b2 快速設計各種類型PCR引物，還包括壹些常用的DNA與蛋白序列軟件工具；
OligoMaster 1.0.164 多用戶寡核苷酸管理軟件，可建立寡核苷酸數據庫
PerlPrimer v1.1.19 壹個免費的用來設計引物的開源軟件。
AmplifX 1.5.4 設計與管理引物的軟件。
AutoDimer 1.0 快速篩選二聚體引物軟件。
MutaPrimer 1.00 用於定點突變的引物設計桌面工具軟件
ORFprimer 1.6.4.1 JAVA語言設計的引物設計軟件
Primer Prim'er 5.6.0 Flash制作的PCR引物設計軟件。
PCR Analyzer 1.0 實時RT-PCR反應中估算初始擴增子濃度軟件
在線工具
DNAWorks 3.0 是壹個幫助進行基因合成的設計寡核苷酸序列的免費程序。 程序僅需要輸入壹些簡單的信息，比如，目標蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的溫度。程序輸出的為適合所選擇生物表達的優化密碼子的核酸序列。利用DNAWorks的幫助，用兩步PCR法，可以成功合成長度達到3000堿基對的基因。原始網站。
The Primer Generator 在線引物設計程序。
Primer 3 比較有名的在線引物設計程序。
Primo Pro 3.4 在線PCR引物設計java系列軟件。
Web Primer 斯坦福大學提供的在線引物設計軟件。
AutoPrime 快速設計真核表達實時定量PCR引物在線軟件 .
壹般性引物自動搜索可采用“Premier Primer 5”軟件，而引物的評價分析則可采用“Oligo 6”軟件。
附上兩款軟件使用方法！
Primer Premier 5.0 的使用技巧簡介
1. 功能
“Premier”的主要功能分四大塊，其中有三種功能比較常用，即引物設計( )、限制性內切酶位點分析( )和DNA 基元(motif)查找( )。“Premier”還具有同源性分析功能（ ），但並非其特長，在此略過。此外，該軟件還有壹些特殊功能，其中最重要的是設計簡並引物，另外還有序列“朗讀”、DNA 與蛋白序列的互換（ ）、語音提示鍵盤輸入（ ）等等。
有時需要根據壹段氨基酸序列反推到DNA 來設計引物，由於大多數氨基酸（20 種常見結構氨基酸中的18 種）的遺傳密碼不只壹種，因此，由氨基酸序列反推DNA 序列時，會遇到部分堿基的不確定性。這樣設計並合成的引物實際上是多個序列的混和物，它們的序列組成大部分相同，但在某些位點有所變化，稱之為簡並引物。遺傳密碼規則因物種或細胞亞結構的不同而異，比如在線粒體內的遺傳密碼與細胞核是不壹樣的。“Premier”可以針對模板DNA 的來源以相應的遺傳密碼規則轉換DNA 和氨基酸序列。軟件***給出八種生物亞結構的不同遺傳密碼規則供用戶選擇，有纖毛蟲大核（Ciliate Macronuclear）、無脊椎動物線粒體（Invertebrate Mitochondrion）、支原體（Mycoplasma）、植物線粒體（Plant Mitochondrion）、原生動物線粒體（Protozoan Mitochondrion）、壹般標準（Standard）、脊椎動物線粒體（Vertebrate Mitochondrion）和酵母線粒體（Yeast Mitochondrion）。
2. 使用步驟及技巧
“Premier”軟件啟動界面如下：
(轉載的時候就沒有圖)
其主要功能在主界面上壹目了然（按鈕功能如上述）。限制性酶切點分析及基元查找功能比較簡單，點擊該功能按鈕後，選擇相應的限制性內切酶或基元（如-10 序列，-35 序列等），按確定即可。常見的限制性內切酶和基元壹般都可以找到。妳還可以編輯或者添加新限制性內切酶或基元。
進行引物設計時，點擊按鈕，界面如下：
進壹步點擊按鈕，出現“search criteria”窗口，有多種參數可以調整。搜索目的（Seach For）有三種選項，PCR 引物（PCR Primers），測序引物（Sequencing Primers），雜交****（Hybridization Probes）。搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時查找上、下遊引物（Sense/Anti-sense Primer，或Both），或者成對查找（Pairs），或者分別以適合上、下遊引物為主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer）。另外還可改變選擇區域（Search Ranges），引物長度（Primer Length），選擇方式（Search Mode），參數選擇（Search Parameters）等等。使用者可根據自己的需要設定各項參數。如果沒有特殊要求，建議使用默認設置。然
後按，隨之出現的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時，再按，這時搜索結果以表格的形式出現，有三種顯示方式，上遊引物（Sense），下遊引物(Anti-sense)，成對顯示(Pairs)。默認顯示為成對方式，並按優劣次序（Rating）排列，滿分為100，即各指標基本都能達標（如下圖）。
點擊其中壹對引物，如第1#引物，並把上述窗口挪開或退出，顯示“Peimer Premier”主窗口，如圖所示：
該圖分三部分，最上面是圖示PCR 模板及產物位置，中間是所選的上下遊引物的壹些性質，最下面是四種重要指標的分析，包括發夾結構（Hairpin），二聚體（Dimer），錯誤引發情況（False Priming），及上下遊引物之間二聚體形成情況（Cross Dimer）。當所分析的引物有這四種結構的形成可能時，按鈕由變成，點擊該按鈕，在左下角的窗口中就會出現該結構的形成情況。壹對理想的引物應當不存在任何壹種上述結構，因此最好的情況是最下面的分析欄沒有，只有。值得註意的是中間壹欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應用。
在需要對引物進行修飾編輯時，如在5’端加入酶切位點，可點擊，然後修改引物序列。若要回到搜索結果中，則點擊按鈕。如果要設計簡並引物，只需根據源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規則，反推至DNA 序列即可。對簡並引物的分析不需像壹般引物那樣嚴格。總之，“Premier”有優秀的引物自動搜索功能，同時可進行部分指標的分析，而且容易 使用，是壹個相當不錯的軟件。
Oligo 6.22 使用技巧簡介
1. 功能
在專門的引物設計軟件中，“Oligo”是最著名的。它的使用並不十分復雜，但初學者容易被其復雜的圖表嚇倒。Oligo 5.0 的初始界面是兩個圖：Tm 圖和ΔG 圖；Oligo 6.22 的界面更復雜，出現三個圖，加了個Frq 圖。“Oligo”的功能比“Premier”還要單壹，就是引物設計。但它的引物分析功能如此強大以至於能風靡全世界。
2. 使用（以Oligo 6.22 為例）
Oligo 6.22 的啟動界面如下：
圖中顯示的三個指標分別為Tm、ΔG 和Frq，其中Frq 是6.22 版本的新功能，為鄰近6至7 個堿基組成的亞單位在壹個指定數據庫文件中的出現頻率。該頻率高則可增加錯誤引發的可能性。因為分析要涉及多個指標，起動窗口的cascade 排列方式不太方便，可從windows菜單改為tili 方式。如果覺得太擁擠，可去掉壹個指標，如Frq，這樣界面的結構同於Oligo5.0，只是顯示更清楚了。
經過Windows/Tili 項後的顯示如圖：
在設計時，可依據圖上三種指標的信息選取序列，如果覺得合適，可點擊Tm 圖塊上左下角的Upper 按鈕，選好上遊引物，此時該按鈕變成，表示上遊引物已選取好。下遊引物的選取步驟基本同上，只是按鈕變成Lower。?G 值反映了序列與模板的結合強度，最好引物的?G 值在5’端和中間值比較高，而在3’端相對低（如圖：）
Tm 值曲線以選取72℃附近為佳，5’到3’的下降形狀也有利於引物引發聚合反應。Frq 曲線為“Oligo 6”新引進的壹個指標，揭示了序列片段存在的重復機率大小。選取引物時，宜選用3’端Frq 值相對較低的片段。
當上下遊引物全選好以後，需要對引物進行評價並根據評價對引物進行修改。首先檢查引物二聚體尤其是3’端二聚體形成的可能性。需要註意的是，引物二聚體有可能是上遊或下遊引物自身形成，也有可能是在上下遊引物之間形成（cross dimer）。二聚體形成的能值越高，越不符合要求。壹般的檢測（非克隆）性PCR，對引物位置、產物大小要求較低，因而應盡可能選取不形成二聚體或其能值較低的引物。第二項檢查是發夾結構（hairpin）；與二聚體相同，發夾結構的能值越低越好。壹般來說，這兩項結構的能值以不超過4.5 為好。
當然，在設計克隆目的的PCR 引物時，引物兩端壹般都添加酶切位點，必然存在發夾結構，而且能值不會太低。這種PCR 需要通過靈活調控退火溫度以達到最好效果，對引物的發夾結構的檢測就不應要求太高。第三項檢查為GC 含量，以45-55％為宜。有壹些模板本身的GC 含量偏低或偏高，導致引物的GC 含量不能被控制在上述範圍內，這時應盡量使上下遊引物的GC 含量以及Tm 值保持接近，以有利於退火溫度的選擇。如果PCR 的模板不是基因組DNA，而是壹個特定模板序列，那麽最好還進行False priming site 的檢測。這項檢查
可以看出引物在非目的位點引發PCR 反應的可能性。如果引物在錯配位點的引發效率比較高，就可能出假陽性的PCR 結果。壹般在錯配引發效率以不超過100 為好，但對於特定的模板序列，還應結合比較其在正確位點的引發效率。如果兩者相差很大，比如在正確位點的引發效率為450 以上，而在錯誤位點的引發效率為130，那麽這對引物也是可以接受的。當我們結束以上四項檢測，按Alt+P 鍵彈出PCR 窗口，其中總結性地顯示該引物的位置、產物大小、Tm 值等參數，最有用的是還給出了推薦的最佳退火溫度和簡單的評價。
由於“Oligo”軟件的引物自動搜索功能與“Primer Premier 5”的相類似，並且似乎並不比後者更好用，在此不再贅述。其實，使用軟件自動搜索引物就是讓計算機按照人的要求去尋找最佳引物，如果參數設置得當將大大提高工作效率。
除了本地引物設計軟件之外，現在還有壹些網上引物設計軟件，如由Whitehead Institute開發的“Primer 3”等（本網站http://210.72.11.60/ 已引進並調試好該軟件，歡迎使用）。該軟件的獨特之處在於，對全基因組PCR 的引物設計；可以將設計好的引物對後臺核酸數據庫進行比對，發現並排除可引發錯配的引物。因此建議經常做全基因組PCR 的用戶試用。