重慶市衛生局的內設機構
(壹)辦公室(保衛處)
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔政務督辦、安全保衛、保密、信訪、政務公開、衛生信息化、國有資產管理、後勤服務等工作；負責衛生宣傳和新聞發布工作；負責直屬單位內部安全保衛工作。
(二)衛生應急辦公室(重慶市突發公***衛生事件應急指揮中心)
擬訂全市衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動負責對突發公***衛生事件和其他突發事件實施預防控制以及緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；負責對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
(三)人事處
擬訂衛生人才發展規劃和政策並指導實施；負責衛生專業技術人員的資格認定工作；負責機關和所屬單位的機構編制、人事管理、隊伍建設等工作。
(四)組織處(宣傳統戰處)
負責所屬單位及歸口管理單位黨建、領導班子建設、黨的宣傳、思想政治工作和統戰工作；負責機關和所屬位及歸口管理單位副處級以上領導幹部、後備幹部管理。
(五)規劃財務處(貸款辦公室)
擬訂全市衛生事業中長期發展規劃，指導區域衛生規劃工作統籌規劃與協調全市衛生資源配置，負責衛生事業費預、決算的編制和財務會計制度的實施；負責所屬醫療衛生單位基本建設與裝備、國有資產監管；負責大型醫用設備的配置及管理；提出醫療服務價格、藥品價格等政策建議並監管；負責衛生統計工作：擬訂衛生貸款項目計劃並組織實施。
(六)政策法規處
開展衛生綜合性政策調研，組織擬訂衛生綜合性政策和標準；組織協調相關衛生地方性法規、規章的起草工作；承擔機關有關規範性文件的合法性審查S-作；承擔有關行政復議、行政應訴等法律事務工作。
(七)疾病預防控制處
負責全市重大疾病的預防和控制，擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，預防與控制傳染病、慢性非傳染性疾病、地方病及寄生蟲病的發生和傳染病疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；承擔市防治艾滋病工作委員會辦公室的具體工作。
(八)愛國衛生處
擬訂愛國衛生標準並組織開展愛國衛生活動和衛生創建；組織實施全市預防和控制“四害”工作；組織實施農村村組改水和衛生廁所建設；組織實施農村飲用水水質衛生監測及衛生學評價；負責農村環境衛生綜合整治及衛生村鎮創建工作。
(九)農村衛生管理處
承擔綜合管理農村衛生工作、初級衛生保健和新型農村合作醫療工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；負責指導農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理；監督指導農村衛生政策的落實；承擔市初級衛生保健委員會辦公室和市新型農村合作醫療領導小組辦公室的具體工作。
(十)婦幼保健與社區衛生處
負責婦幼衛生、社區衛生、健康教育工作，擬訂有關政策、規劃、規範並組織實施；對婦幼保健實施監督管理；擬訂地方婦幼保健標準；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；規劃社區衛生服務體系建設並指導實施。
(十壹)醫政處(醫療服務監管處)
負責醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準的擬訂並組織指導實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；負責醫療質量管理；指導臨床重點專科建設；負責醫療急救體系建設、醫院藥事、醫院感染控制、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理；負責醫療廣告的審查和醫療機構廣告的監管；負責戒毒醫療機構的監管。承擔醫療機構醫療服務的監管工作，組織開展醫療質量、安全、服務、財務評價檢查和監督工作；承擔推進公立醫院管理體制改革工作；負責醫療事故、醫療糾紛處理。
(十二)藥物政策與基本藥物制度處
負責組織實施國家基本藥物制度；擬訂重慶市基本藥物的采購、配送、使用的政策措施，會同有關方面提出國家基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出國家基本藥物價格政策的建議。
(十三)中醫壹處
擬訂中醫(中西醫結合、民族醫)機構的設置規劃；負責中醫醫療機構、人員、技術、中醫廣告的資質審批及監督管理；負責中醫醫療護理質量管理，組織協調醫療事故的技術鑒定，醫療糾紛的處理；負責聯系中醫工作和中醫機構藥事監管工作；負責基層中醫藥服務；負責協調中醫服務體系建設工作。
(十四)中醫二處
負責擬訂全市中醫藥發展規劃、科技教育專項規劃、綜合性工作計劃和政策措施；負責組織中醫科技項目攻關、評審驗收及成果推廣；組織對傳統中醫藥理論、醫術、秘方、驗方的整理、總結、提高和推廣；負責中醫藥人才培訓、學歷教育、繼續教育、師帶徒工作；負責中醫藥綜合性事務工作；負責聯系中醫藥行業學(協)會和國際交流與合作。
(十五)衛生監督處
指導規範衛生行政執法工作；負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件。
(十六)食品安全綜合協調處
負責食品安全綜合監督；組織擬訂食品安全地方標準，負責企業標準的備案管理，負責食品安全風險監測、風險評估、信息發布和預警工作；承擔組織查處食品安全重大事故的工作。
(十七)科技教育處(國際合作處)
擬訂全市醫藥衛生科技發展規劃；組織重大醫藥衛生科技項目攻關項目；組織研究醫學衛生技術標準；負責重點學科建設；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位和社區衛生人員的培訓工作；參與擬訂醫學學歷教育的規劃、專業設置的建議；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；負責全市醫療衛生的國際合作與交流；承擔與港澳臺的衛生合作工作。
(十八)保健處
承擔市幹部保健委員會確定的保健對象及有關單位醫療照顧對象的醫療保健工作；負責市級單位離休幹部的醫療管理工作；負責全市重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作；負責中央領導和重要外賓來渝的醫療安排；承擔市幹部保健委員會的日常工作。
(十九)審計處
擬訂全市衛生系統內部審計工作規定和制度；指導和監督衛生系統內部審計工作；負責組織實施所屬單位領導幹部任期經濟責任審計；負責對重大項目進行內部審計；協調、配合市審計局等部門對衛生系統行業審計或專項審計調查，並負責督促整改；指導所屬單位開展專項審計工作。
機關黨委負責機關黨群工作。
離退休人員工作處
負責機關離退休人員管理工作，指導所屬單位的離退休人員工作。
夏永鵬重慶市衛生局（掛市中醫管理局牌子）黨組書記、副局長
主持衛生局黨組全面工作，分管組織處、人事處、離退休人員工作處，藥物政策與基本基本藥物制度處。